آغاز مطالعه داروسازی مدرن در جمهوری اسلواکی را می توان به تقسیم جنگ چکسلواکی ردیابی کرد. نقطه عطف مهم شروع یک برنامه مطالعاتی دو ساله در طول سال تحصیلی 1939-1940 در قالب یک همکاری بین دانشکده ای بود: بخشی از برنامه توسط دانشکده هنر و بخشی دیگر توسط دانشکده پزشکی پوشش داده شد. در سال 1940 مقررات دولتی طول تحصیل را به سه سال افزایش داد و گواهی پایان تحصیلات متوسطه و یک سال تجربه حرفه ای در داروسازی به عنوان شرط اولیه ورود به دانشگاه بود. در سال 1945، پس از بازسازی چکسلواکی، نیاز به یکپارچه سازی آموزش داروسازی در جمهوری ایجاد شد. در سال 1948 قانون مطالعه داروسازی به اجرا درآمد و مطالعه داروسازی در چکسلواکی را متحد کرد. مدت تحصیل به چهار سال افزایش یافت.
دانشکده داروسازی مستقل دانشگاه کومنیوس (دانشگاه اسلواکی در آن زمان) با مقررات دولتی که در 1 سپتامبر 1952 لازم الاجرا شد تأسیس شد. اولین رئیس دانشگاه Ľ بود. Krasnec و معاون L. Zathurecký. از سال تحصیلی 1953-1954، برنامه داروسازی به پنج سال افزایش یافت. کار ساخت یک ساختمان جدید برای دانشکده داروسازی در خیابان Odbojárov در سال 1958 آغاز شد. در سال 1960 افتتاح شد. در همان سال دو دانشکده داروسازی در برنو و براتیسلاوا با هم ادغام شدند و براتیسلاوا محل اقامت تنها دانشکده ملی داروسازی چکسلواکی شد. این دوره یکی از مهم ترین دوره های دانشکده بود. بعداً دانشکده داروسازی دانشگاه چارلز با دفتر مرکزی آن در هرادک کرالووه تأسیس شد.
در حوزه فعالیت های آموزشی، تصویب تغییر برنامه تحصیلی به مطالعه سه رشته ای متمایز در سال 1977 به معنای ایجاد رشته های تحصیلی زیر بود: داروسازی عمومی، داروسازی تکنولوژیک و داروسازی بالینی. این شکل از مطالعه تا سال 1990 ادامه یافت، زمانی که یک مطالعه مستقل پنج ساله در مورد داروسازی معرفی شد.
در حال حاضر دانشکده برنامه تحصیلی کارشناسی ارشد "داروسازی" را ارائه می دهد که کاملاً با سیستم آماده سازی داروسازان در اتحادیه اروپا سازگار است. از سال 2002، دانشکده همچنین برای مدرک لیسانس در دستگاه های بهداشتی و تشخیصی تحصیل می کند. جدا از کار آموزشی، بخش مهمی از زندگی دانشکده شامل فعالیت های علمی و پژوهشی است که عمدتاً بر جنبه های جداگانه داروها و داروها متمرکز شده است. قبل از سال 1989 کارهای تحقیقاتی در چارچوب طرح دولتی تحقیقات هماهنگ می شد، این روزها عمدتاً توسط آژانس های کمک مالی ملی و بین المللی حمایت می شود.
