یک مقدار زیادی از موسسات آموزش عالی در سراسر قرقیزستان وجود دارد. این شامل حدود سی و هفت دانشگاه های دولتی و هجده دانشگاه های خصوصی. دانشگاه های برجسته در قرقیزستان عبارتند از: دانشگاه آسیای مرکزی و دانشگاه ملی قرقیز.

پس از آنکه دانشجویان برنامه مقطع کارشناسی را به پایان رسانیدند، درجه کارشناسی را اخذ می نمایند. جهت اخذ کارشناسی ارشد، معمولاً می بایست 12 الی 18 دوره کالج را بگذرانید که اغلب مستلزم گذراندن امتحانات جامع و/یا انجام یک پایان نامه است.